Los acuíferos de las aguas minerales no son sustancialmente distintos de cualquier otro. Básicamente, el acuífero es un flujo subterráneo de agua que se alimenta de las precipitaciones y que tras un tránsito más o menos largo y profundo, vuelve a superficie para aflorar en forma de manantial o ser captado mediante un pozo o galería.
En el mundo existen también acuíferos fósiles, que son almacenes de aguas precipitadas hace siglos o milenios, en condiciones climáticas diferentes de las actuales, y que permanecen entrampadas en acuíferos sin conexión con superficie. Constituyendo por tanto reservas no renovables de agua.
Las aguas minerales naturales son siempre aguas vivas, flujos de agua en movimiento, aunque este movimiento sea en ocasiones lento y su trayecto largo. Así, cuando bebemos un agua mineral natural, estamos bebidendo un agua precipitada a menudo hace decenas de años e incluso varios siglos, purificada y enriquecida en elementos minerales a lo largo de un lento y pausado proceso.
Los acuíferos que alimentan las aguas minerales naturales se investigan para conocer sus dimensiones, la extensión de las zonas de recarga y poder así delimitar los perímetros de protección, que restringen las actividades industriales y agrícolas en superficie que puedan alterar la calidad de las aguas subterráneas.